Un colesteatoma suele estar causado por una inflamación del oído medio o un mal funcionamiento de la trompa de Eustaquio. El resultado suele ser una presión negativa en el oído medio. Puede producirse una retracción timpánica.

Normalmente, la trompa de Eustaquio conduce el aire desde la parte posterior de la nariz hasta el oído medio. Regula la presión normal en el oído medio. Una reacción alérgica, un resfriado, un labio leporino y paladar hendido, después de una radioterapia o una sinusitis pueden alterar el funcionamiento normal de la trompa de Eustaquio. Puede formarse un vacío en el oído medio. El vacío creado aspira partes del tímpano debilitadas por la inflamación. Esto puede ser el precursor de un colesteatoma. Muy raramente, también hay colesteatomas congénitos. Sin embargo, la causa más frecuente de colesteatomas son las infecciones de oído.