Um colesteatoma é frequentemente causado por uma inflamação do ouvido médio ou por um mau funcionamento da trompa de Eustáquio. Isto resulta normalmente numa pressão negativa no ouvido médio. Pode ocorrer a chamada retração epitimpânica do tímpano.

Normalmente, a trompa de Eustáquio conduz o ar da parte de trás do nariz para o ouvido médio. Isto regula a pressão normal no ouvido médio. Uma reação alérgica, uma constipação, uma fenda labial e palatina, após uma radioterapia ou uma sinusite podem prejudicar o funcionamento normal da trompa de Eustáquio. Pode formar-se um vácuo no ouvido médio. O vácuo criado suga partes do tímpano que foram enfraquecidas pela inflamação. Este pode então ser o precursor de um colesteatoma. Muito raramente existem também colesteatomas congénitos. No entanto, a causa mais comum de colesteatomas são as infecções do ouvido.